胃肠道间质瘤有肝转移，说明患者病情比较晚，不能够直接手术。
如果有肝转移，一般说明胃肠道间质瘤本身瘤体较大，有可能在手术时不能够将其完全切干净，一般需要口服药物治疗一段时间，比如口服伊马替尼，建议口服2-3个疗程，结束后再重新评估。
复查相关指标，比如肿瘤指标、血常规、腹盆腔增强CT，重点是对胃肠道间质瘤大小做出判断，同时判断肝转移灶的情况。如果瘤体有缩小、肝转移灶减少或消失，下一步就可以考虑手术治疗。
如果瘤体没有缩小或肝转移灶没有明显减少，主要考虑继续口服药物治疗，必要时更换药物治疗。