肛周囊肿最好的治疗方法是进行手术，因此不手术是不行的。假如不做手术，囊肿也许会并发感染的加重，甚至出现肛周出现瘘管，也就是形成肛瘘，再进行手术就十分困难，治疗周期时间也比较长，给病人增加痛苦以及经济负担。
由于肛周脓肿是属于肛窦炎症而反复感染造成的，很多人是由于反复便秘或者腹泻而诱发肛周软组织的感染加重造成的。
对于肛周脓肿诊断明确后应该进行手术切开引流，手术中应该进行详细探查，手术后要系统的进行抗感染治疗，同时也要纠正基础疾病，并且叮嘱病人增加营养，手术后要定期进行换药。