乙型肝炎疫苗只打两针是否有作用，要因人而异，大部分人注射两针之后，都会产生乙型肝炎表面抗体，但是有可能抗体的稳定性不够好，第三针属于加强针。
乙型肝炎疫苗按照流程，应该是0、1、6的流程注射，一共注射三针，在注射第一针之后，有30%的人可以产生乙型肝炎表面抗体，但是抗体并不稳定，注射第二针之后，90%可以产生乙型肝炎表面抗体，注射第三针之后，乙型肝炎表面抗体的阳性率可以达到96%，而且抗体可以在较高的水平维持存在。
注射三针疫苗之后，抗体一般可以维持12年左右，所以最好是注射三针疫苗，如果第三针未按时接种，也可以推迟接种。