克罗恩病确诊有一定难度，主要容易与肠结核、淋巴瘤相混淆。确诊克罗恩病可以根据以下一些特点来进行确诊，对于慢性起病、反复发作的右下腹疼痛、腹泻、消瘦，特别是有肠梗阻，腹部有包块，有肠瘘，肛周有病变以及发烧的要考虑这类疾病。可以通过其临床表现、X线检查、结肠镜检查、小肠镜检查以及组织活检综合进行分析，其检查的主要见于以下一些特点：
第一、有非连续性和节段性的病变，内镜下可以见到铺路石样的表现或者纵行溃疡，病检见于全壁性、炎症性病变以及非干酪性肉芽肿。
第二、还可以看到瘘管形成以及肛门部位病变。
确诊克罗恩病需要结合临床表现以及一些辅助检查进行综合判断，同时还要与肠结核以及淋巴瘤等疾病相鉴别。