慢性肾功能不全最常见的原因有两个：
一、原发性肾脏疾病。
二、继发性肾脏疾病。原发性肾脏疾病，包括肾前性因素、肾性因素以及肾后性因素。肾前性因素如肾脏缺血、肾中毒，肾性因素包括肾小球源性、肾小管以及肾间质造成的慢性肾功能不全，肾后性因素如肾脏积水造成的肾功能不全。继发性因素是指系统性、全身性疾病，例如高血压、糖尿病、冠心病、脑血管疾病、风湿性疾病，特别是系统性红斑狼疮。其他系统的疾病如血液系统疾病、皮肤系统疾病，例如过敏性紫癜造成的肾脏损伤，如果不积极治疗，也可能发生慢性肾功能不全。