水样便肚子咕咕叫可能由以下原因导致：
1、胃肠功能紊乱，大多数与饮食有关，吃了不干净的食物引起的腹泻或进食生冷、辛辣、油腻、刺激性等食物，导致的消化、吸收不彻底引起的腹泻，在大便里可以看到未消化的食物残渣，这时应给予清淡、易消化饮食，如小米粥、面条等。
2、腹部受凉也可出现腹泻症状，应注意腹部保暖，多喝些热水，细菌、病毒感染所致的肠黏膜损伤导致胃肠蠕动功能紊乱。
3、肠蠕动亢进，出现肚子咕咕叫，当食物没有消化或肠黏膜分泌增加会出现水样便，可能伴有恶心、腹痛等症状，这时应当去医院做血常规、便常规检查，明确诊断后给予相应的抗生素治疗。