肛周脓肿在引流以后的愈合时间，如果是肛周表面的软组织感染，在切开引流，并且配合应用抗生素的情况下，大多在1周左右便可见到明显的治疗效果。如果是肛瘘造成的肛周脓肿，治疗周期会明显增长。
通常情况下，肛瘘时可以在肛周摸到明显的炎症肿块，甚至可以摸到明确的外口，将外口切开，有脓、血、黏液等分泌物流出。但是长期的换药，并不能加速伤口的愈合。在这种情况下，应注意是否出现肛瘘。在肛瘘检查时，还应检查直肠或肛管表面是否有一个或多个内口。如果有摸到相应的内口，便可明确肛瘘的诊断。一般只有通过手术切除，才能彻底治愈，周期需要3-4周。因此，肛周脓肿的愈合时间还是根据其具体的原因才能初步判断。
日常生活中肛周脓肿引流术后的患者需要注意忌久坐、久立，因为肛周脓肿在临床上多见的是出租车司机、长途客运货车司机，经常性坐几个小时不动，特别容易形成肛周脓肿。另外，也防止久坐后使病情复发或是无法达到更好的治疗效果和的恢复效果。