通过药物治疗宫外孕不能排出孕囊，宫外孕药物治疗的主要目的是杀胚，使HCG下降，一般将HCG降为正常，需要3-4周的时间。宫外孕药物治疗主要是采取化学药物治疗，主要适用于病情稳定的输卵管妊娠患者以及保守性手术后发生的持续性异位妊娠者。宫外孕保守治疗主要采用全身用药的方法，常用甲氨蝶呤，它的主要治疗机制是抑制滋养细胞增生，破坏绒毛，使胚胎组织坏死、脱落和吸收。
所以宫外孕药物保守治疗并不会排出孕囊，它只会使胚胎坏死，最终在体内吸收。甲氨蝶呤大多采用肌肉注射的方法，一般在治疗的第四天和第七天就应该监测血HCG。如果治疗后4-7天，血HCG下降小于15%，就应该重复用药甲氨蝶呤，之后每周监测血HCG的变化，直到HCG降至5U/L，即降为正常，一般需要3-4周。对于运用化学药物治疗，未必每例都能够获得成功，所以在治疗期间应该用超声检查和血HCG进行严密的监护。