巧克力囊肿手术之前需要抽血化验肿瘤标志物，比如CEA、AFP、CA125等。做盆腔核磁检查有助于诊断、判断囊肿的性质，如果考虑巧克力囊肿的可能性比较大。适合手术治疗的术前还需要抽血化验血常规、凝血项传染病筛查、心电图、胸部CT等。如果各项相关检查没有手术的禁忌证，可以选择腹腔镜微创手术，在身体的表面打3-4个洞，每个洞1-2cm，用特殊的仪器将巧克力囊肿清除，切除的组织物还需要做病理检查来明确诊断，病理显示确定是巧克力囊肿可以肌注亮丙瑞林或者戈舍瑞林三个月到半年的时间，降低巧肺囊肿的发生率。