腮腺炎不属于严重的疾病，绝大多数的流行性腮腺炎患者预后良好，只有极个别的患者，因并发病毒性的脑炎、心肌炎等严重的并发症时，才可能会危及生命。
腮腺炎病毒除了侵袭腮腺之外，常可以侵袭多系统、多器官，大约75%的腮腺炎患者可以有并发症，最常见的并发症是无菌性的脑膜炎、脑炎及脑膜脑炎，主要表现为发热、嗜睡、头痛、呕吐、脑膜刺激症状等。生殖系统的并发症主要是多发生于成人，儿童生殖器官尚未成熟，多可幸免，成年男性患者约有11%-30%可发生睾丸炎，以单侧多见，一般是在腮腺肿大开始消退时出现睾丸炎。