怀孕40天有阴道褐色分泌物要做进一步的检查，在早孕期间如果出现腹痛伴有阴道的流血要排除宫外孕，因为宫外孕是可能会导致孕产妇死亡的严重疾病，对于宫外孕的早期识别和早期诊断、处理是非常重要的，一般来说通过超声就可以判断是否为宫内妊娠以排除宫外孕。在排除宫外孕以后，如果确认为宫内怀孕，阴道少量出血可以进行保胎治疗，往往使用黄体酮的口服剂型或者肌注进行保胎，可以观察一周，若一周之后如果症状逐渐消失，保胎成功，可以逐渐适当的减量和停药。如果持续仍然有阴道出血要小心有胚胎停育，还要经过超声的复查来判断是否有胎心的搏动。