目前主流的结石微创手术就是输尿管镜手术，以及经皮肾镜手术。输尿管镜手术是经过人体的自然腔道，也就是从尿道插入，置入膀胱，在膀胱内寻找到患侧输尿管的开口。沿着输尿管口进入输尿管镜，找到结石之后，使用各种的能量，比如冲击波或者是激光把结石击碎，将结石取出，这是目前做得最多类型的结石微创手术。
对于肾内体积比较大的结石或者是位于肾盏内的结石，可能通过在患侧腰部打一个1cm左右的眼，将结石的手术器械置入，也是发现结石以后，通过激光或者是各种能量将石头击碎。通过结石微创手术的进步，目前已经可以很方便、快捷的处理大多数类型的泌尿系结石。