室间隔缺损的治疗，内科治疗主要防治感染性心内膜炎、预防肺部感染和心力衰竭，以及介入封堵治疗，外科治疗可以在直视下行缺损修补术。
缺损小、没有症状的患者不需要手术，若有肺动脉高压并以左向右分流为主，手术以4-10岁效果最佳，若症状出现早或有心力衰竭也可在婴幼儿期手术。显著肺动脉高压，有双向或右向左分流为主的患者，不适合修补手术。
目前多采用经右心房切开途径，这对膜部缺损显露更佳，高位缺损，则以经肺动脉途径更好，对边缘有纤维组织的较小缺损可直接缝合，缺损小于1cm的患者则用涤纶织片缝补，有介入封堵指征的可以行介入封堵手术治疗。