晚期梅毒患者的皮肤和内脏有诸多后遗症，晚期梅毒也叫三期梅毒，一般是感染两年以上的梅毒患者，如果没有经过积极的驱梅治疗，就有可能导致皮肤和内脏的后遗症。比如皮肤上面可以出现梅毒性的树胶肿，愈合之后局部就会留下明显的萎缩性的瘢痕。另外，骨骼也容易引起梅毒性的炎症导致梅毒性骨膜炎、骨折、关节畸形等等。眼睛受梅毒的损害可引起间质性的角膜炎，严重的可引起失明。
另外，神经系统，晚期梅毒患者可以出现多种神经梅毒的症状，比如脊髓痨、麻痹性痴呆等等。心血管梅毒可以导致主动脉瓣关闭不全、主动脉瘤、心肌树胶肿等等。一些先天的晚期梅毒患者，可以产生标志性的损害，比如哈钦森齿，还有桑葚齿、马鞍鼻、神经性耳聋等等。