扁桃体是全身淋巴系统的一部分，也是身体的免疫屏障，起到了抵御病菌侵袭的作用，所以是正常免疫功能中重要的一环。正常的扁桃体要加以保护，当扁桃体的免疫功能丧失，反而成为病菌的滋生地，比如慢性扁桃体炎，非但起不到很好的保护作用，反而能够引起全身性疾病，比如风湿性关节炎、风湿性心脏病或者急慢性肾炎等。这种情况下扁桃体就需要切除，全身免疫系统有淋巴系统还有其它很多淋巴组织，病变的扁桃体切除以后并不会影响全身免疫系统的功能。