患者咽口水时耳底痛，可能是耳朵、咽喉部的炎症等原因，具体如下：
一、耳朵的炎症：可能是耳朵本身确实有炎症，比如中耳炎、外耳道炎等。咽口水的时候由于肌肉牵拉，引起外耳道活动，或者鼻咽部肌肉的活动，从而导致耳痛被诱发。
二、咽喉部的炎症：耳朵本身没有疾病，主要是咽部疼痛，比如扁桃体炎、咽炎，在咽口水的时候咽部疼痛加重。由于口咽部的感觉神经和中耳的感觉神经在一条通路上，所以咽痛可能会有耳部放射痛，从而感觉耳朵也会有疼痛。这种情况要以治疗咽部的疾病为主，包括使用抗生素类药物或者解热镇痛类药物。