肩关节囊肿最常发生于肩胛盂上方称为盂上切迹的位置，是关节囊在肩盂上方止点处的损伤，导致关节液渗透到肩盂上切迹形成的囊肿，囊肿会压迫肩胛上神经，导致肩关节外展和外旋的力量减弱，肩关节有酸痛不适的感觉，核磁检查可以确诊，去除方法主要是靠关节镜手术，清理肩盂上方的盂唇韧带损伤，将囊肿进行内引流，然后修复上方盂唇的损伤，囊肿就消除了，其他部位的囊肿都不是真正的囊肿，都是滑膜炎症反应引起的积液，比如肩峰下滑囊炎和喙突下滑囊炎，往往通过关节腔的封闭注射，就可以控制炎症反应，很多人做肩关节核磁都会发现股骨头内有小的囊性变，这种囊性变是退变引起的，不需要治疗。