有一部分妇科疾病的患者可能使用直肠超声进行检查，一般不会产生明显的疼痛，但是有的患者会感觉到一些不适，因为有些患者是初次使用经直肠超声进行检查，有一些紧张的心理，所以会有一点不适感，但是在可以忍受的范围之内。
经直肠超声在临床上一般可用于引导宫颈扩张术、刮宫手术，也有一些未婚的女性或者宫颈疾病存在可能接触性出血的患者，也可以采用经直肠超声进行检查。还有一部分患者由于子宫后方存在比较大的包块，经腹部探头或者经阴道探头观察包块不够完整，此时也可以选择经直肠超声进行检查，主要是离包块距离比较近，能够更加准确和清晰地显示出子宫后方的包块。目前用直肠超声检查妇科的情况相对比较少，在临床上如果患者出现了妇科疾病，可能会首先选择经腹部超声检查，或者根据患者的情况选择经阴道超声进行检查。