支原体感染、咳嗽首先可以使用止咳的药物，例如肺力咳合剂、复方甘草片、苏黄止咳胶囊、右美沙芬、喷托维林等。在止咳治疗的同时，需要针对支原体进行治疗，常用的药物包括大环内酯类的抗生素，或者是喹诺酮类的抗生素，大环内酯类抗生素包括阿奇霉素、红霉素，喹诺酮类的抗生素包括左氧氟沙星、莫西沙星等。
平素要注意休息，避免受凉，多饮水，可以促进疾病的恢复，如果患者出现有痰咳不出，可以使用祛痰的药物，例如氨溴索、桉柠蒎、乙酰半胱氨酸等。如果患者出现发热，体温超过38.5℃，可以使用退热药物进行治疗，低于38.5℃，可以采取物理降温的方法。