普通肠镜检查是有一定痛苦的，普通肠镜检查也就是在检查肠镜之前口服泻剂，将肠道内的内容物清理干净，然后将结肠镜镜身通过肛门伸入到直肠、结肠肠腔内来观察肠道的黏膜病变情况。
在检查的过程中需要在肠腔内注入气体，以便于观察黏膜的病变，同时因为结肠有部分的弯曲，所以在肠镜经过弯曲时需要旋转、勾拉肠道黏膜。
所以在注气和进镜的过程中因为肠管的牵拉，会有疼痛、腹胀等表现，部分人难以耐受检查，不能完成全结肠的检查，所以普通肠镜检查是存在一定痛苦的。
如果患者难以忍受，可以选择在麻醉状态下进行肠镜检查，这样患者的舒适程度会明显提高，一般都能在没有明确腹部疼痛的表现下，顺利的完成肠镜检查。