氟康唑可以用来治疗霉菌性阴道炎，多应用于全身用药。对于症状比较严重或者反复发作的霉菌性阴道炎患者，多采用局部治疗加全身用药，其中全身用药主要是以氟康唑的治疗为主，同时也可以应用伊曲康唑来进行治疗。
霉菌性阴道炎是由于阴道的假丝酵母菌感染所引起，一般有诱因，比如糖尿病患者的血糖控制不理想、妊娠的因素，还有使用大量的免疫抑制剂以及广谱抗生素等，导致体内的假丝酵母菌大量繁殖，引起阴道炎症。患者多表现为外阴瘙痒、性交疼痛、白带增多，其中白带多表现为豆渣样白带。
霉菌性阴道炎一般治疗前需要先消除诱因，同时给予局部治疗以及全身用药。局部用药主要包括阴道栓剂，有制霉菌素阴道栓、克霉唑栓、硝酸咪康唑栓等。在进行局部用药之后，可以选择全身药物，两者联合治疗可以提高霉菌性阴道炎的治愈率。同时性伴侣要进行治疗，避免女性的重复感染。