不论是西药还是中成药，很多药物都会有副作用，副作用一般是与药物起的治疗效果无关的其他反应。西药的副作用绝大多数表现为胃肠道反应，例如恶心、反酸、上腹饱胀，包括胃黏膜损伤等。还可能出现过敏反应，包括皮肤瘙痒、皮炎、荨麻疹等。
有些西药可能产生神经精神系统症状，例如嗜睡、谵妄。有些严重的会产生肝功能、肾功能的损伤，以及血液系统的血细胞减少等。
西药的副作用都是在大量的临床试验的基础上得到的，是有确切临床数据支持的副作用。而中成药缺乏大量的临床试验基础，因此副作用不明确，但是并不能代表中成药没有副作用。