对于细菌性阴道炎的治疗首先需要明确病因，细菌性阴道炎是由于阴道菌群紊乱，导致产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而其他微生物大量繁殖，主要是以加德纳菌的厌氧菌为主。治疗方法是以抗厌氧菌药物为主，主要有甲硝唑、克林霉素等，而甲硝唑可以抑制厌氧菌生长，而不影响乳酸杆菌的生长，是一种比较理想的治疗药物，可以选择甲硝唑凝胶阴道局部治疗，也可以选择甲硝唑片口服。疗程一般为一周左右，局部用药和口服用药疗效相似，治愈率均可以达到80%左右。
由于本病和多个性伴侣有关，但是性伴侣的治疗并不能改善治疗的效果和预后，因此性伴侣不需要进行常规治疗，细菌性阴道炎治疗以后大多数症状消失，不需要随访，而对于症状反复出现的患者，可以接受随访治疗。如果不进行细菌性阴道炎的治疗，妊娠期的女性容易导致绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产等，非妊娠期的妇女可以引起子宫内膜炎、盆腔炎，及子宫切除术后阴道顶端感染等情况。