直肠息肉的治疗原则是小的良性息肉，特别是炎性息肉可以定期复查，不必立即治疗。
对于大的腺瘤性息肉，鉴于该病属于癌前疾病，大多主张内镜下切除，如果内镜下切除比较困难可以考虑外科手术治疗，术后要对全息肉进行病理检查。
息肉的内镜治疗主要包括有高频电凝切除术、圈套烧灼术、微波灼除术等方法。这些方法大多是在结肠镜直视下进行局部息肉的全息肉切除术，应用创伤小、恢复快、不用开腹等手术方式来进行处理。
但是对于息肉有恶变者或者多发的腺瘤，尤其以密集型表现为主，以及内镜下治疗息肉时出现了穿孔或者出现难以控制的症状，这些情况需要采取外科手术治疗方式来进行处理。