EV71肠道病毒感染手足口病，如果是轻症的，一般孩子可以表现为发热，发热1-2天之后，可以在手掌、足底、口腔，以及臀部出现皮疹、疱疹。一般来说孩子的疱疹可以持续一周，一周之后体温下降至正常，皮疹消退，病情逐渐恢复。
但是，由于EV71病毒感染的手足口病可能会合并有重症感染。重症感染的时候，在发病第1-5天左右，个别孩子可能出现中枢神经系统感染的症状，例如孩子有嗜睡、昏睡、昏迷、抽搐等症状。此外，还有一部分孩子会合并有循环系统的改变，例如出现病毒感染引起的中毒性心肌炎，严重的可能会出现心衰，甚至导致死亡。