静脉窦血栓在临床上引起的主要原因是感染性和非感染性两大类。非感染性的原因常见于全身的衰竭，还有脱水、急性胃炎、结核、癌症；还有慢性消耗性的疾病，比如腹泻、痢疾、心脏病、血液病、脑外伤以及产褥期或者过度疲劳之后。感染性的原因常见于颜面部的隐性病灶，耳部病变如中耳炎和乳突炎、扁桃体发炎、扁桃体囊肿，颅内感染如化脓性的脑膜炎、脑脓肿，这些情况均可以引起颅内静脉窦血栓的形成。临床上最常见的原因就是颜面部的炎症，尤其是常见的危险三角区，更容易引起海绵窦炎症血栓。