当人体肠管与体表间的通道产生异常就引起了肠瘘，大量临床经验证明肠瘘是不会自愈的，即便是自愈也并不代表着可以不管不问使其自己恢复。大部分的肠瘘需要进行手术治疗才能够愈合，如果是一些非常小的肠瘘进行保守治疗需要做好引流以及消毒等工作，防止感染的情况。
对于那些肠瘘部位不是很深又比较小，患者本身没有其他疾病，肠瘘的漏液量不是很大，基本不影响正常的进食以及生活，也没有受到感染，没有出现营养不良的肠瘘患者自愈可能性非常大，只需要局部进行定时换药多数患者是可以愈合的。对于那些已经形成慢性窦道的肠瘘患者需要手术进行治疗。