引起克罗恩病的确切病因现在还不清楚，目前知道一些相关的影响因素，比如饮食因素、细菌感染、自身免疫因素，有的认为跟创伤或者心理因素也有相关系，所以它是多因素作用的结果。
在这些因素当中，目前认为克罗恩病跟肠道内菌群紊乱或者某些细菌的感染可能有一定的关系。还跟自身免疫有很大的相关性，因为除了肠道的病变以外，很多人全身其它部位也可以出现跟免疫相关的病变，比如结节性红斑，或者关节炎、关节的病变等其它跟免疫相关的。所以现在很多专家认为，克罗恩病的发生跟自身免疫有很大的相关性。