对于克罗恩病的治疗，目前有几个方面：对于活动期，主要通过乙酰水杨酸制剂，它是比较常用的药物。如果是比较严重的病人，也通过6-巯基嘌呤等免疫抑制剂、肾上腺皮质激素等。最新治疗有抗肿瘤坏死因子的单克隆抗体等药物治疗。如果活动期的症状缓解以后，还要进行维持治疗。
一般来讲，常用乙酰水杨酸制剂进行维持治疗。但具体要根据病情，如果用免疫抑制剂，可能要逐渐的减量，肾上腺皮质激素也要逐渐减量。还有一种方法是手术治疗，主要针对它的并发症，比如肠梗阻，特别是完全性肠梗阻。有些病人肠内瘘形成，也需要手术治疗。
总体来讲，克罗恩病采用以内科治疗为主、外科治疗为辅的策略。