椎间盘突出症行微创手术由于在进行手术的过程中需要进行穿刺到达椎间孔的位置，可能会破坏到皮肤、皮下组织、肌肉、筋膜等，即使组织愈合，炎症病灶往往还会存在，在久坐、久蹲、受凉等保持一个姿势的状态之下仍然会出现疼痛的感觉。
还有可能会再次出现腰椎间盘突出，因为纤维环已经出现破裂，即使进行手术之后把突出的髓核予以切除，但是纤维环仍然是薄弱的地方，当两个椎体再次出现较大压力的时候，会导致椎间盘进一步突出，髓核再次压迫神经根出现更加严重的腰部疼痛以及放射性的疼痛，还有下肢麻木的临床症状。