肛门湿疹在内的所有湿疹都没有根治的方法，因为湿疹目前病因不清，是由多种内外因素引起的一种真皮浅层和表皮炎症。湿疹明确来说没有病原体，预后也不会产生永久性的保护性抗体，所以无法根治。但不能根治不代表不能进行治疗，合理、积极的诊治包括日常护理，能减少湿疹发作的频率。祛除或尽可能避免湿疹诱发或加重的因素，从某种程度上来说可以减少湿疹的发作，或者湿疹不发作，从某种程度上来说也就是根治。
湿疹的治疗方法有多种，具体取决于患者的年龄、病变严重程度，选择不同的治疗方法。如果是儿童，皮肤比较薄，可以选中弱效的糖皮质激素软膏，比如丁酸氢化可的松、地奈德、糠酸莫米松的软膏，症状好转后再换用非激素类的钙调磷酸酶的抑制剂。对于成年人皮疹比较肥厚、病情比较长时，可以选用中强效的糖皮质激素软膏，症状好转后也可以换回钙调磷酸酶的抑制剂，比如他克莫司、吡美莫司，也就是外用药。对于严重的湿疹，在外用药基础上如果伴有明显的瘙痒，可以口服抗过敏的药物，也就是抗组胺药，比如氯雷他定、西替利嗪。
患者还要注意湿疹关键是要在于日常护理，应避免局部潮湿、多汗，保证局部干爽、清洁。患者应勤换内衣，避免搔、抓、烫、洗，否则会刺激皮肤引起瘙痒，使患者搔抓，瘙痒的恶性循环皮肤状态会越来越肥厚、越来越瘙痒。对于一些慢性疾病，可以引起或加重湿疹，比如寄生虫病、儿童蛲虫病。蛲虫在肛中的活动会刺激皮肤引起瘙痒，加上一些分泌物会导致诱发或加重湿疹。所以，积极治疗原发病非常重要，多种方法可以有效治疗湿疹，建议在医生指导下合理选用，加上日常的防护。
