巧克力囊肿打针的主要目的不是来月经，所以原则上不能来月经，巧克力囊肿打针以后应该是产生短暂性的闭经，这才是药物的真正作用。巧克力囊肿打针以后不让来月经，也就是抑制异位的内膜的功能，从而抑制卵巢功能，阻止内异症的发展。巧克力囊肿打针以后，导致卵巢激素水平明显下降，出现短暂性闭经，这种疗法称为药物性卵巢切除。
目前常用注射性的药物，有亮丙瑞林和戈舍瑞林，打针以后应该不来月经，一般在用药后的第两个月就会开始出现闭经，在月经的第一天就开始皮下注射，每隔28天用一次，用药以后产生闭经，巧克力囊肿的痛经就会缓解，停药以后在短期内排卵就可以恢复，才会来月经。所以打针以后应该是不来月经，这个药物才效果最好，停药以后才会来月经。