厌氧菌感染首选的药物一般是甲硝唑、林可霉素、克林霉素等药物。厌氧菌感染治疗需要根据以下原则，治疗的原则是要建立不利于厌氧菌生长繁殖的环境和抗菌药物的治疗，对少数产外毒素的厌氧菌感染，比如破伤风、肉毒杆菌食物中毒，应该要同时使用抗毒素。对严重感染的患者应该加强支持疗法，酌情输血浆或者全血，积极治疗原发疾病，具体如下：
第一、需要破坏厌氧环境，包括局部病灶的切开引流，坏死组织或者无效腔的清除，明显肿胀伴气体形成病变组织的减压，以及病程的恶性肿瘤、异物梗阻、血栓的去除。
第二、抗菌药物的治疗，可以选用甲硝唑、克林霉素、林可霉素、氯霉素、β-内酰胺氨类抗生素、大环内酯类、万古霉素和去甲万古霉素，其他的治疗就是需要对症治疗，需要纠正水电解质平衡紊乱。