衣原体的感染，根据不同的感染部位会有不同的症状。以肺部感染为例，肺炎衣原体的感染潜伏期是10-65天左右，开始的表现是上呼吸道的感染，比如咽痛、声音嘶哑、流鼻涕，以咽痛最为常见。1-4周的时候出现比较明显的症状：比如发热、咳嗽，发热可以持续1-7天，咳嗽以干咳为主，体检可以闻及干湿性啰音，偶尔会有肋胁痛，部分的患者可以出现哮喘。大多数的患者症状比较轻，但是病情恢复比较慢，症状可以持续数周至数月，老年人感染以及其他的慢性病的患者感染，肺炎通常比较重，而且还会合并胸腔积液，有死亡的可能性，而且肺炎衣原体的感染容易引起一些心内膜炎、心肌炎、心包炎以及肝炎、脑炎等肺外的症状。