根管治疗的步骤可以分为根管预备，根管消毒和根管充填。每一个治疗步骤均可能会出现治疗后疼痛的情况。根管预备后出现疼痛，一般是根管锉刺激根尖，或者是将细菌物质带出根尖孔以外；根管消毒过程中，如果出现了疼痛，可能是药物过量或者刺激牙根尖导致。根管充填以后出现疼痛，一般是根管材料超充，或者是暂时性的炎性反应。以上三种情况均可以口服阿莫西林，或一代、二代的头孢菌素和甲硝唑。止疼可以用布洛芬或者高乌甲素片。一般的根管预备和根管消毒阶段出现疼痛均可以得到控制。如果根管充填以后，用药以后效果不佳，可以取出根充材料，重新进行根管治疗。