肛周囊肿没有明显的临床症状，也有部分的患者随着囊肿感染、囊内肿物增多，表现在肛门的坠胀，甚至伴有急性感染期，也会有类似有肛门脓肿的临床症状，表现在肛门的灼热、疼痛、下坠，甚至影响排便困难等临床症状。这时就应该与肛周脓肿进行严格的区分，通过医生的指诊，直肠囊肿和肛周脓肿有明显的不同的指下感觉，直肠指诊时可能囊肿压痛没有那么明显，肛周囊肿触诊时出现剧烈的疼痛。最终鉴别诊断还需要影像学的鉴别，通过CT或者彩超，如果发现肛周肿物有明显的包膜，诊断就是肛周囊肿、骶前囊肿。