肛周囊肿的治疗应该严格的与肛周脓肿进行区分，肛周脓肿仅需要切开引流或者把脓腔切开就可以达到根治的目的。但是肛周囊肿的治疗，它的治疗原则是应该完整切除囊肿的囊壁组织以及内容物，有任何囊壁残留都可以导致疾病的复发。肛周囊肿往往与肛门不相通，所以它的切口也应该是沿着肛周做弧形切口，尽可能的远离肛门的括约肌，也就是在术中尽可能的保留肛门内括约肌，尽可能的避免损伤肛门的功能，切开以后应该尽可能完整切除囊壁，这是肛周囊肿的治疗原则。