复方磺胺甲恶唑片为复合制剂的抗菌药，副作用一般多为过敏反应，如部分患者服药后可出现皮疹、荨麻疹或者发生剥脱性皮炎、光过敏、发热等反应。
部分患者可见血细胞减少，尤其是中性粒细胞、血小板以及红细胞减少，此类患者发生症状之后，根据患者血细胞减少的程度，予以相应对症治疗。该类药物可损害患者的肝功能以及肾功能，发生肝功能不全或者肝功能衰竭、肾功能不全或者肾功能衰竭。
另外，此类药物可引起患者胆红素升高，如果是新生儿，有可能发生胆红素脑病。极个别患者可出现甲状腺肿大以及甲状腺功能减退等症状，而且也有个别报道可出现中枢神经系统毒性反应，表现为神志不清、精神错乱、幻觉或者出现抑郁症。
近期研究发现，患者服用复方磺胺甲恶唑片之后偶可发生脑膜炎、头痛、颈项强直、喷射状恶心、呕吐等症状。