房间隔缺损3mm一般并不严重，对于无症状的房间隔缺损患者，如果缺损小于5mm可以观察。如果患者有右心房、右心室的增大一般可以进行手术修补。对于较小的房间膈缺损患者可没有任何症状，仅仅在检查时被发现，对于严重的房间隔缺损患者，可表现为劳累后心悸、气喘、乏力、咳嗽、咯血。
房间隔缺损较小的患者可能无明显体征，而缺损较大的患者可能会存在发育较差、体格瘦小，甚至胸部脊柱后凸等现象。所以对于房间隔缺损3mm患者可以动态观察，对于成年人如果缺损小于5mm且无右心房室增大者，也可继续观察，不做手术。