囟门凹陷有可能是体内水分缺失造成的，也有可能是喂养不当造成的营养不良，也会出现囟门凹陷，也有可能是在母胎中感染其他疾患造成的。体内血水分缺失，有可能是颅内的脑脊液和身体的血液组织交换失衡，当身体内丢失水分比较多时，脑脊液也会减少，从而压力降低，囟门便会出现凹陷。另外，在婴儿呕吐、腹泻后，也会出现脱水的症状。如果未及时进行补水，有可能发生囟门凹陷，因为婴儿自己自然调节能力比较差，耐受力也不足，并且可能发生危险等问题。另外，喂养不当而造成的营养不良，也有可能造成囟门凹陷，因此在日常生活中要加强囟门凹陷的儿童的营养。