盐酸左氧氟沙星的副作用主要有以下几点，如果患者与非甾体类抗炎镇痛药服用，如阿司匹林、布洛芬等，有可能引起患者全身肌肉的抽搐；如果与口服的降糖药同时使用，有可能引起患者的血糖失调，包括高血糖与低血糖。
部分患者会有胃肠道反应，如恶心、呕吐以及腹泻、消化不良等情况，部分患者还会有过敏性情况的发生，如全身的浮肿、荨麻疹、皮疹、瘙痒、红斑、斑丘疹等。
有部分患者也可出现神经系统的反应，如肌震颤、麻木、视觉异常以及嗜睡，部分患者也有头痛、头晕的情况。
长期服用此药，也可出现患者尿中尿素氮升高或者一过性的肝功能损害，有时也可出现贫血、白细胞减少以及血小板减少的情况。此类药物小于18岁的患者禁止服用，因为会影响患者神经系统发育。