对于小儿肠系膜淋巴结炎的治疗，首先需要和阑尾炎相鉴别，在可以确诊排除阑尾炎的情况下，可先尝试保守治疗，予以休息、静脉补液、维持水电解质平衡等对症治疗。
对于细菌感染所导致的小儿肠系膜淋巴结炎，可以根据患儿的临床症状选择有效的抗生素抗炎治疗。在保守治疗中，应密切观察患儿的体温、腹痛症状和血常规的变化。
如果通过保守治疗，症状不见明显好转或者不能够和急性阑尾炎鉴别时，就需要考虑手术探查。手术探查的方式可采用腹腔镜手术治疗。
整体来说，小儿肠系膜淋巴结炎的预后是很好的，一般情况下通过正规的治疗3-4天后，可以明显的改善。