肩痛扎针灸一般来说没有什么副作用。但有时也有操作不当，扎破肺叶引起气胸的、皮下血肿等情况。做针灸治疗一定要选择正规的医院找正规的大夫进行治疗，也就是说找有资质的大夫进行治疗。