先天性肾脏萎缩严重不严重需要根据实际情况来进行判断，如果先天性肾脏萎缩是发生在一侧肾脏，而对侧肾脏能够正常的发育或者出现代偿性增大，血中的肌酐在正常范围之内，尿液检查没有异常，说明这是正常现象，不需要特别的关注。
如果是先天性肾脏萎缩是一侧或者两侧的，同时出现了血中肌酐的升高，说明剩余的肾脏已经不能充分排出机体产生的毒素和多余的水分，这时候就需要考虑先天性肾萎缩是由于什么原因造成的，是由于先天性血管狭窄，还是由于某些疾病造成。
对这些问题需要积极进行治疗，尽可能的恢复肾脏的功能，如果连恢复的可能性都没有，就需要对症治疗，应用排毒的药物进行治疗。