大脑发育不良是多种原因引起的，可以是由于先天性疾病引起，例如患儿存在先天性发育不良或者脑部血管畸形，导致患者的脑部出现病变，患者出现大脑发育不良的现象。这个时候要及早的发现，然后进行有针对性的康复训练，可以先治疗原发病，及早的将畸形的血管进行恢复，可以采取手术帮助治疗，恢复脑血供的情况。
此外，还有可能存在一些先天性的甲状腺减退的因素，甲状腺素分泌不足，患者的脑部就会发育不良，出现呆小病。这个时候要及早的进行治疗，服用促甲状腺药物帮助治疗，促进甲状腺素分泌，促进脑部的发育。症状严重的患者应该及早的进行手术帮助治疗，定期到医院进行检查。
另外，一些产时因素，例如围产期缺氧、新生儿感染等众多因素都有可能造成脑发育不良，成为获得性的因素，针对这样的因素首先去除病因，其次也要针对性的康复治疗。