肝内胆管的结石很少会自愈，如果肝内胆管的结石比较轻，没有引起并发症，比如出现胆管的扩张、黄疸等，可以暂时动态观察，不需要治疗。内科治疗的效果也很差，有些可以用中医中药的方法治疗。
当出现一些并发症，比如出现了胆道梗阻、黄疸等情况，长此以往容易引起胆汁淤积的肝硬化。反复胆管结石的刺激会导致胆管癌的发病率增加，还可能合并感染出现发烧、疼痛等并发症。必须积极的治疗，治疗的办法主要是手术切除治疗为主。