正常的头皮上分布着许多微生物，其中主要包括葡萄球菌病、丙酸杆菌和马拉色菌。与头皮屑病因最有关的微生物是马拉色菌。有研究发现头皮屑与角质层的游离脂肪酸、胆固醇、神经酰胺水平明显下降有关，致使头皮的水屏障遭到破坏，角质层水合作用减少，使其体积和面积变小、裂开而形成鳞屑。这些油脂的减少可能与内因和外因都有关系。马拉色菌和其他微生物可能影响神经酰胺酶的活性，脂质减少反映了潜在炎症相关的表皮分化过程的损害。油脂减少可能与水屏障容易遭到破坏后不易修复有关，同时水屏障破坏加重了微生物和真菌毒素、环境污染因素的不利影响，形成了不良循环，长期不能恢复，头皮屑不能得到缓解。