荞麦枕头的危害主要有以下几个方面。
首先，荞麦枕头是将干燥的荞麦装入枕套中，比较松散，会出现高低不平的现象，需要经常进行调整，否则高低不平不仅会干扰睡眠质量，而且枕头高度不合适的情况会加重颈部的负担，容易造成落枕、颈椎间盘突出、驼背等危害。
其次，荞麦枕在使用过程中，由于经常接触人体，会残留有油脂和皮屑等，滋生大量的细菌，荞麦枕用的时间长了会出现发霉的现象甚至长虫，所以应用荞麦枕一定要注意保持清爽干燥并定期进行清洗更换荞麦。
最后，荞麦性偏寒，对于体质偏虚者不适合长期使用，建议定期更换枕头避免寒邪侵犯人体。