治疗扁平疣激光好还是冷冻好，要根据不同的情况。如果是位于面部的扁平疣，无论是多还是少，还是建议激光治疗会好一些。激光治疗一般不容易留下色素沉着，而且基本上一次就能够清除疣体。液氮冷冻治疗一般需要多次，而且液氮冷冻最容易留下色素沉着，这种色素沉着一般短时间内不能够祛除，所以影响病人的美观，影响工作和生活。
如果疣体除了面部以外身体其他的部位，如果疣体的数量比较少，也可以采用二氧化碳激光治疗，毕竟治疗次数少，而且不留色素沉着。扁平疣本身比较浅而且比较小，二氧化碳激光治疗，如果外涂麻药以后治疗起来疼痛感也没有特别的强烈，患者接受度也是比较高的。
如果是身体上扁平疣疣体比较多、很密，还是建议液氮冷冻治疗，液氮冷冻治疗后如果在身上留下色沉物，一般都是穿着衣服遮盖着，所以这样有充足的时间让它去代谢掉这个色素，不采用二氧化碳是因为如果皮损特别多的话，二氧化碳激光治疗后创面也比较多，这样很容易继发扁平疣的再次复发，而且也容易继发细菌感染，所以要根据不同的部位以及皮损的多少的情况而定。