肛瘘破溃以后在外口处会有流脓、流血的情况发生，应当立即用温水或者温盐水将瘘口外部清洗干净，然后用碘伏消毒，可以用创可贴覆盖，也可以用纱布覆盖。并且需要口服抗生素来治疗伤口里面的感染，可以口服头孢克肟，也可以口服左氧氟沙星、环丙沙星等，也且需要到医院进行检查和治疗。
要明确是单纯的肛瘘还是复杂性的肛瘘，大部分情况都是单纯性肛瘘，因为其常有一个内口和一个外口。到医院以后可以先行抗感染治疗，也就是将肛瘘的炎症进行控制。治疗3-5天之后考虑行手术治疗，通常是行肛瘘切除手术或者肛瘘挂线手术，要根据内口的高低来决定。如果内口比较抵，可以行肛瘘切除。如果内口比较高，可以行肛瘘挂线。